Как и реестры систем Windows NT/2000/XP, реестр Windows Server 2003 состоит из пяти так называемых корневых ключей (root keys):
Каждый отдельный ключ может содержать элементы данных, которые называются параметрами (value entries), а также дополнительные вложенные ключи (subkeys). Для понимания этой концепции можно провести аналогию с файловой системой. Ключи в структуре реестра аналогичны каталогам, а значимые элементы — файлам.